Silent Hunter 5 keliauja į neatrastas teritorijas ir pasodina žaidėją už vokiečių "U-Boat" periskopo, kariaujant prieš sąjungininkų pajėgas garsiuose mūšiuose Atlanto vandenyne bei Viduržemio jūroje. Pirmą kartą žaidimo serijos istorijoje, žaidėjai gali gyventi povandeninio laivo kapitono gyvenimą bei vadovauti įgulai pirmojo asmens perspektyva.